Spec Ops: The Line entfaltet sich im ehemaligen Überfluss von Dubai. Einst der Spielplatz der reichsten Elite der Welt, fiel Dubai einer Reihe von verhängnisvollen Sandstürmen zum Opfer. Die hochmoderne Architektur der Stadt liegt unter Millionen Tonnen von Sand halb begraben. Derselbe Sand, der die Stadt bedeckt, spielt eine wichtige Rolle bei der Veränderung der Kampfsituationen und dient als eine mächtige, jedoch unberechenbare Kraft, die den Spielern im Verlauf des Spiel sowohl hilft als auch das Leben schwer macht.

Während die meisten Menschen aus dem nun unwirtlichen Ödland geflohen sind, ehe die Sandstürme hindurchfegen, blieben U.S. Army Colonel John Konrad und sein treuer Trupp zurück, um diejenigen zu beschützen, die nicht entkommen konnten. Als sie nach dem Sturm niemanden in Dubai erreichen konnten, fürchtete die U.S. Army, dass Konrad und sein Team tot seien, bis sie einen schwachen Notruf empfingen und eine Rettungsmission starteten. Als U.S. Army Captain Martin Walker werden Sie und Ihr Elite-Delta Force-Team ausgeschickt, um das trügerische Gebiet zu infiltrieren und Konrad nach Hause zu bringen. Spieler werden "Die Linie" erleben, die Messers Schneide, die nur Männer des Krieges kennen. Es ist die Linie, die sie überschreiten, wen Tod und Pflicht eins werden. Es ist das Ende - ihr eigenes oder das der Vernunft - wenn ihre Pflicht erfüllt ist und nur sie zurückbleiben.