XCOM is gebaseerd op het klassieke verhaal over de mensheid en hun strijd tegen een onbekende vijand. Spelers staan in de schoenen van een FBI agent die de groeiende vijandelijke bedreiging moet identificeren en elimineren. Zoals spelers gewend zijn van XCOM, moeten zij weer heel wat gevaren trotseren met riskante strategische beslissingen, gekoppeld aan keiharde, bloedstollende gevechten die het uiterste vergen van kracht en vindingrijkheid. Dit alles tegen een vijand die het voorstellingsvermogen van spelers te boven gaat.
 
Door de game in een first-person perspectief te plaatsen, ervaren spelers spanning en angst terwijl zij vechten tegen een vijand zonder gezicht, die zich gewelddadig een weg baant naar onze wereld.